Thủ tục hải quan hàng gia công 2026: hồ sơ, quy trình, thuế và báo cáo quyết toán

Thủ tục hải quan hàng gia công áp dụng khi doanh nghiệp Việt Nam nhận nguyên liệu, vật tư của thương nhân nước ngoài để gia công rồi xuất trả sản phẩm theo hợp đồng. Khác với một lô nhập khẩu thông thường, hàng gia công được miễn thuế nhập khẩu nhưng đổi lại doanh nghiệp phải thông báo cơ sở và hợp đồng với hải quan trước khi nhập, theo dõi từng mét vải hay từng linh kiện trong suốt quá trình sản xuất, rồi quyết toán và xử lý phần nguyên liệu dư khi hợp đồng kết thúc. Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực từ 01/02/2026 đã sửa phần lớn các điều về gia công, nên những doanh nghiệp quen quy trình cũ cũng cần rà lại. Bài viết đi qua điều kiện, hồ sơ, sáu bước làm thủ tục, chính sách thuế, báo cáo quyết toán và một tình huống xử lý vải dư có số liệu cụ thể.

1. Hàng gia công là gì và khác gì nhập nguyên liệu sản xuất xuất khẩu

Hàng gia công là hàng hóa được sản xuất, hoặc được thực hiện một hay nhiều công đoạn, theo yêu cầu của bên đặt gia công. Trong giao dịch quốc tế, doanh nghiệp Việt Nam là bên nhận gia công, nhận nguyên liệu, vật tư, linh kiện hoặc bán thành phẩm từ thương nhân nước ngoài là bên đặt gia công, rồi xuất trả sản phẩm theo thỏa thuận trong hợp đồng. Bảng dưới đây ghi ba mô hình thường gặp ở các nhà máy tại Việt Nam.

Ngành	Bên nhận gia công nhập gì	Bên nhận gia công xuất trả gì
May mặc	Vải, phụ liệu từ Trung Quốc theo đơn của đối tác nước ngoài	Quần áo thành phẩm
Điện tử	Linh kiện do khách hàng Nhật Bản cung cấp	Thành phẩm đã lắp ráp
Nhựa	Hạt nhựa từ đối tác Hàn Quốc	Chi tiết nhựa đã ép

Điểm khác cốt lõi so với loại hình sản xuất xuất khẩu nằm ở quyền sở hữu nguyên liệu. Trong gia công cho thương nhân nước ngoài, nguyên liệu thuộc về bên đặt gia công, doanh nghiệp Việt Nam chỉ nhận phí gia công, nên hải quan quản lý riêng hợp đồng gia công, nguyên liệu, sản phẩm, máy móc thuê mượn và nghĩa vụ quyết toán. Ngược lại, doanh nghiệp tự mua nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu thì làm theo thủ tục hải quan hàng sản xuất xuất khẩu, với cơ chế thuế và hồ sơ khác hẳn.

Vì hai loại hình dùng mã khác nhau trên tờ khai, doanh nghiệp cần chọn đúng ngay từ lô đầu tiên. Theo bảng mã loại hình ban hành kèm Quyết định 1357/QĐ-TCHQ, nguyên liệu nhập để gia công cho thương nhân nước ngoài khai mã E21, sản phẩm gia công xuất trả khai mã E52, còn nhập sản xuất xuất khẩu dùng nhóm mã E31 và E62.

2. Căn cứ pháp lý của thủ tục hải quan hàng gia công năm 2026

Thủ tục hải quan hàng gia công hiện dựa trên các văn bản trong bảng dưới. So với nhiều bài hướng dẫn cũ, có hai thay đổi cần lưu ý: Nghị định 69/2018/NĐ-CP về quản lý ngoại thương đã được thay bằng Nghị định 292/2026/NĐ-CP, và Nghị định 08/2015/NĐ-CP ngoài lần sửa năm 2018 còn được sửa tiếp bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP ngày 30/6/2025.

Văn bản	Nội dung liên quan đến gia công
Luật Hải quan 54/2014/QH13, sửa đổi bởi Luật 90/2025/QH15	Nguyên tắc thủ tục, kiểm tra, giám sát hải quan
Luật Thương mại 36/2005/QH11	Khái niệm, quyền và nghĩa vụ của bên đặt và bên nhận gia công
Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 107/2016/QH13 và các luật sửa đổi	Miễn thuế nguyên liệu gia công và sản phẩm gia công xuất khẩu
Nghị định 292/2026/NĐ-CP (thay Nghị định 69/2018/NĐ-CP)	Quản lý ngoại thương, điều kiện gia công, gia công chuyển tiếp
Nghị định 08/2015/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP và Nghị định 167/2025/NĐ-CP	Thủ tục hải quan, thông báo cơ sở sản xuất
Nghị định 134/2016/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP	Điều kiện, hồ sơ miễn thuế hàng gia công
Thông tư 38/2015/TT-BTC, sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC	Hồ sơ, quy trình, báo cáo quyết toán, xử lý nguyên liệu dư

Thông tư 121/2025/TT-BTC ban hành ngày 18/12/2025 và có hiệu lực từ 01/02/2026, sửa đổi các điều 56, 60, 61, 62, 64 và 76 của Thông tư 38/2015, tức gần như toàn bộ phần gia công. Mọi lô hàng gia công đăng ký tờ khai trong năm 2026 vì vậy cần áp dụng bản đã sửa, kể cả khi hợp đồng được ký từ năm trước.

3. Ba việc phải xong trước khi nhập nguyên liệu gia công

Trước tờ khai nhập nguyên liệu đầu tiên, doanh nghiệp cần có hợp đồng gia công đủ nội dung, đã thông báo cơ sở gia công và đã thông báo hợp đồng cho cơ quan hải quan. Thiếu một trong ba việc này, tờ khai nhập khẩu theo loại hình gia công sẽ không có số tiếp nhận hợp đồng để khai.

3.1. Nội dung cần có trong hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài

Hợp đồng gia công là căn cứ xác định quyền và nghĩa vụ của bên đặt và bên nhận gia công, đồng thời là tài liệu hải quan dùng để đối chiếu khi quyết toán. Hợp đồng nên ghi rõ các nhóm thông tin sau.

Nhóm thông tin	Nội dung cụ thể
Các bên	Tên, địa chỉ, thông tin pháp lý của bên đặt và bên nhận gia công
Sản phẩm	Tên sản phẩm gia công, mã sản phẩm, số lượng
Nguyên liệu	Phần do bên đặt gia công cung cấp và phần bên nhận gia công tự cung ứng (nếu có)
Định mức	Định mức sử dụng nguyên liệu, vật tư cho mỗi đơn vị sản phẩm
Giá và thanh toán	Đơn giá gia công, phương thức thanh toán
Thời hạn và giao nhận	Thời hạn thực hiện hợp đồng, điều khoản giao nhận hàng hóa
Kết thúc hợp đồng	Cách xử lý nguyên liệu dư, phế liệu, phế phẩm, máy móc thiết bị thuê mượn

Những thông tin trên phải khớp với chứng từ xuất nhập khẩu và dữ liệu quản lý nguyên liệu thực tế, vì khi quyết toán hải quan sẽ đối chiếu ba nguồn này với nhau.

3.2. Thông báo cơ sở gia công với cơ quan hải quan

Doanh nghiệp không phải là doanh nghiệp chế xuất phải thông báo cơ sở gia công, nơi lưu giữ nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và sản phẩm xuất khẩu theo mẫu số 20 Phụ lục II Thông tư 121/2025, gửi qua hệ thống cho hải quan nơi quản lý cơ sở sản xuất. Thông báo cần phản ánh đúng địa chỉ cơ sở, địa điểm lưu giữ nguyên liệu, máy móc phục vụ gia công, số nhân công và năng lực sản xuất.

Khi có thay đổi so với nội dung đã thông báo, doanh nghiệp gửi thông báo sửa đổi, bổ sung theo cùng mẫu. Trường hợp hợp đồng có điều khoản thuê, mượn máy móc mà lúc thông báo chưa có máy, doanh nghiệp được thông báo trước phần còn lại và bổ sung thông tin máy móc trong 30 ngày kể từ ngày hoàn thành nhập khẩu máy.

3.3. Thông báo hợp đồng gia công trên hệ thống hải quan

Theo khoản 2 Điều 56 Thông tư 38/2015 sửa đổi bởi Thông tư 121/2025, trước khi xuất khẩu, nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị phục vụ hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài, doanh nghiệp phải thông báo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng theo chỉ tiêu mẫu số 21, 22 Phụ lục II qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Mỗi hợp đồng và phụ lục chỉ thông báo một lần, và chỉ thông báo bổ sung khi nội dung đã thông báo thay đổi.

Hệ thống trả về số tiếp nhận hợp đồng gia công, và số này được khai tại ô giấy phép trên mọi tờ khai nhập nguyên liệu, máy móc và xuất sản phẩm của hợp đồng đó. Doanh nghiệp tự truyền tờ khai nên nắm cách khai báo hải quan điện tử VNACCS trước khi mở tờ khai gia công đầu tiên, vì khai sai ô hoặc thiếu số tiếp nhận sẽ phải khai bổ sung.

4. Hồ sơ hải quan hàng gia công ở từng công đoạn

Hồ sơ thay đổi theo công đoạn và loại hàng, nên doanh nghiệp nên lập một bộ chứng từ thống nhất dùng chung cho khai báo, quản lý sản xuất và quyết toán. Thành phần cơ bản của bộ chứng từ hải quan cho từng loại hình đã có hướng dẫn riêng, nên phần dưới chỉ ghi những gì đặc thù của gia công.

4.1. Hồ sơ thông báo hợp đồng gia công

Để khai đủ các chỉ tiêu của mẫu số 21, 22, doanh nghiệp cần chuẩn bị hợp đồng gia công ký với thương nhân nước ngoài và phụ lục (nếu có), thông tin bên đặt và bên nhận gia công, danh mục sản phẩm, danh mục nguyên liệu kèm định mức dự kiến, cùng thông tin cơ sở gia công, máy móc và năng lực sản xuất. Việc thông báo thực hiện theo chỉ tiêu thông tin trên hệ thống, và chỉ dùng mẫu giấy 18/TBHĐGC/GSQL khi hệ thống gặp sự cố.

4.2. Hồ sơ nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để gia công

Bộ hồ sơ của tờ khai nhập nguyên liệu theo loại hình E21 gồm các chứng từ trong bảng dưới.

Chứng từ	Ghi chú
Tờ khai hải quan nhập khẩu	Khai số tiếp nhận hợp đồng gia công
Hợp đồng gia công	Đã thông báo với hải quan
Commercial Invoice	Không bắt buộc nộp với hàng nhập để gia công cho thương nhân nước ngoài
Packing List	Chi tiết số lượng, trọng lượng từng mã nguyên liệu
Bill of Lading hoặc Air Waybill	Theo phương thức vận chuyển
Catalogue, tài liệu kỹ thuật	Khi cần làm rõ tên hàng, mã HS
Giấy phép, chứng từ kiểm tra chuyên ngành	Khi nguyên liệu thuộc diện quản lý

Theo điểm b.1 khoản 2 Điều 16 Thông tư 38/2015 sửa đổi bởi Thông tư 121/2025, hàng hóa nhập khẩu để thực hiện hợp đồng gia công cho thương nhân nước ngoài thuộc trường hợp không phải nộp hóa đơn thương mại. Dù vậy, doanh nghiệp vẫn nên giữ bộ chứng từ thương mại và vận tải thực tế để đối chiếu tên hàng, số lượng và trị giá khi khai báo.

4.3. Hồ sơ xuất khẩu sản phẩm gia công

Khi xuất trả thành phẩm theo loại hình E52, bộ hồ sơ gồm tờ khai hải quan xuất khẩu, hợp đồng gia công và phụ lục liên quan, Commercial Invoice hoặc chứng từ tương đương khi thuộc trường hợp phải có, Packing List, Booking Confirmation và Shipping Instruction. Vận đơn được bổ sung sau khi hãng tàu hoặc hãng bay phát hành, còn giấy phép xuất khẩu hoặc chứng từ kiểm tra chuyên ngành chỉ cần khi sản phẩm thuộc diện quản lý. Tùy phương thức vận chuyển và yêu cầu của đối tác, doanh nghiệp có thể phải chuẩn bị thêm C/O, chứng nhận chất lượng hoặc chứng từ khác.

5. Quy trình 6 bước làm thủ tục hải quan hàng gia công

Từ lúc ký hợp đồng đến khi nhập khẩu nguyên liệu gia công và xuất trả thành phẩm, thủ tục xuất nhập khẩu hàng gia công đi theo sáu bước dưới đây, trong đó hai bước đầu làm một lần cho mỗi hợp đồng, còn bước 3 đến bước 5 lặp lại theo từng lô hàng.

5.1. Bước 1: Ký hợp đồng gia công với đối tác nước ngoài

Hai bên thống nhất sản phẩm, nguyên liệu, định mức, đơn giá gia công, thời gian sản xuất, phương thức giao nhận và trách nhiệm từng bên. Doanh nghiệp cần đọc kỹ điều khoản về quyền sở hữu nguyên liệu, sản phẩm và trách nhiệm xử lý hàng tồn khi kết thúc hợp đồng, vì điều khoản này quyết định cách làm ở bước cuối.

5.2. Bước 2: Thông báo cơ sở sản xuất và hợp đồng gia công

Doanh nghiệp thông báo cơ sở gia công và các địa điểm lưu giữ hàng hóa, sau đó thông báo hợp đồng, phụ lục hợp đồng qua hệ thống điện tử trước khi xuất nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị. Đây là bước để hải quan có thông tin quản lý toàn bộ hoạt động gia công của doanh nghiệp.

5.3. Bước 3: Nhập khẩu nguyên liệu, vật tư từ nước ngoài

Sau khi nhận chứng từ từ đối tác, doanh nghiệp kiểm tra tên hàng, mã HS, số lượng, trọng lượng, chính sách nhập khẩu và điều kiện quản lý chuyên ngành, rồi khai tờ khai nhập khẩu theo đúng loại hình. Doanh nghiệp nộp hoặc xuất trình chứng từ theo yêu cầu của hệ thống, phối hợp kiểm tra thực tế nếu tờ khai bị phân luồng đỏ, và đưa hàng về cơ sở sản xuất sau khi thông quan. Lượng nguyên liệu nhập phải được ghi chính xác ngay từ lúc này để phục vụ quản lý kho, sản xuất và báo cáo quyết toán.

5.4. Bước 4: Tổ chức gia công, sản xuất sản phẩm

Trong quá trình sản xuất, doanh nghiệp theo dõi số lượng nguyên liệu nhập kho, lượng đưa vào sản xuất, định mức sử dụng thực tế, số sản phẩm hoàn thành, nguyên liệu dư, phế liệu, phế phẩm phát sinh, cùng lượng bán thành phẩm và thành phẩm tồn kho. Các số liệu này phải thống nhất giữa bộ phận kho, sản xuất, kế toán và xuất nhập khẩu, vì bất kỳ chênh lệch nào cũng sẽ lộ ra khi quyết toán.

5.5. Bước 5: Xuất khẩu sản phẩm gia công

Doanh nghiệp kiểm tra số lượng, quy cách và tình trạng thành phẩm, đối chiếu với hợp đồng, chuẩn bị Invoice, Packing List và chứng từ vận tải, rồi khai tờ khai xuất khẩu. Sau khi thông quan và giao hàng, doanh nghiệp theo dõi vận đơn và chứng từ giao hàng. Theo khoản 4 Điều 61 sửa đổi bởi Thông tư 121/2025, hồ sơ và thủ tục xuất khẩu sản phẩm gia công thực hiện như hàng hóa xuất khẩu tại Chương II Thông tư 38/2015.

5.6. Bước 6: Đối chiếu nguyên liệu, sản phẩm và báo cáo quyết toán

Doanh nghiệp tổng hợp số liệu nhập nguyên liệu, lượng đã dùng trong sản xuất, số sản phẩm đã xuất và tồn kho cuối kỳ. Số liệu tờ khai nhập, tờ khai xuất, sổ kế toán, dữ liệu kho, định mức thực tế và lượng nguyên liệu dư, phế liệu, phế phẩm phải khớp nhau trước khi nộp báo cáo quyết toán đúng thời hạn và đúng mẫu.

6. Thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu và thuế GTGT của hàng gia công

Chính sách thuế là lý do chính khiến doanh nghiệp chọn loại hình gia công, nhưng mỗi sắc thuế có điều kiện riêng và không được mặc định áp dụng giống nhau cho mọi dòng hàng.

Thuế nhập khẩu nguyên liệu: Theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP, nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công sản phẩm cho thương nhân nước ngoài được miễn thuế nhập khẩu khi đáp ứng đủ điều kiện. Điều kiện gồm nhập đúng cho hợp đồng gia công đã thông báo, có hồ sơ hải quan theo quy định, theo dõi được việc sử dụng nguyên liệu, có chứng từ chứng minh nguyên liệu đi vào sản phẩm gia công, và xử lý đúng quy định với nguyên liệu dư, phế liệu, phế phẩm, hàng chuyển tiêu thụ nội địa. Miễn thuế không có nghĩa là doanh nghiệp được tự do dùng nguyên liệu vào mục đích khác, vì khi thay đổi mục đích sử dụng hoặc không còn đáp ứng điều kiện, doanh nghiệp phải làm thủ tục hải quan và nộp thuế tương ứng.

Thuế xuất khẩu sản phẩm: Sản phẩm gia công xuất khẩu không mặc nhiên được miễn toàn bộ thuế xuất khẩu. Khi sản phẩm có dùng nguyên liệu, vật tư mua trong nước thuộc đối tượng chịu thuế xuất khẩu, khoản 4 Điều 61 sửa đổi bởi Thông tư 121/2025 yêu cầu khai sản phẩm gia công trên một dòng hàng và nguyên liệu mua trong nước cấu thành sản phẩm trên các dòng tiếp theo của tờ khai xuất khẩu, với mã "NVLCTXK" tại chỉ tiêu mã số quản lý riêng để tính thuế xuất khẩu cho phần nguyên liệu đó. Vì vậy doanh nghiệp cần tách rõ nguồn gốc từng loại nguyên liệu trước khi khai báo.

Thuế GTGT: Chính sách thuế GTGT phụ thuộc vào bản chất giao dịch, loại hàng, chứng từ và điều kiện áp dụng theo Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15. Doanh nghiệp nên tách riêng ba đối tượng là hàng nhập khẩu để gia công cho thương nhân nước ngoài, phí gia công thu từ bên đặt gia công và sản phẩm xuất khẩu, thay vì áp một cách xử lý chung cho cả hợp đồng.

7. Báo cáo quyết toán hàng gia công: thời hạn, mẫu và rủi ro số liệu

Theo Điều 60 Thông tư 38/2015 sửa đổi bởi Thông tư 39/2018 và Thông tư 121/2025, doanh nghiệp nhận gia công phải lập và nộp báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu và hàng hóa xuất khẩu cho hải quan. Hướng dẫn chi tiết từng chỉ tiêu nằm ở bài báo cáo quyết toán hải quan, còn phần dưới tóm tắt những điểm riêng của báo cáo quyết toán hàng gia công.

Thời hạn nộp: Báo cáo nộp chậm nhất ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính, nên năm tài chính kết thúc 31/12/2026 có hạn cuối là 31/3/2027. Doanh nghiệp chuẩn bị hợp nhất, sáp nhập, chia, tách, giải thể hoặc chuyển địa điểm làm thủ tục phải báo cáo và xử lý nghĩa vụ liên quan trước thời điểm đó, không chờ hết năm.

Nội dung và mẫu: Báo cáo phản ánh tình hình nhập khẩu, sử dụng và tồn kho nguyên liệu, vật tư, tình hình xuất khẩu và tồn kho thành phẩm, cùng định mức thực tế sản xuất sản phẩm xuất khẩu. Các nội dung này được lập theo chỉ tiêu tại mẫu số 25, 26 và 27 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư 121/2025/TT-BTC.

Những sai lệch hay gặp: Phần lớn rủi ro khi quyết toán đến từ số liệu nội bộ, không phải từ thủ tục, và bảng dưới ghi các sai lệch doanh nghiệp thường gặp.

Sai lệch	Nguyên nhân thường gặp
Số nhập kho không khớp tờ khai nhập	Nhận thiếu, thừa hoặc nhầm mã nhưng chưa khai bổ sung
Lượng nguyên liệu dùng không khớp định mức	Định mức trên giấy chưa tính hao hụt thực tế
Không theo dõi được nguyên liệu theo từng mã sản phẩm	Kho xuất chung cho nhiều mã hàng
Số kế toán lệch số kho	Hai bộ phận dùng đơn vị tính hoặc thời điểm ghi nhận khác nhau
Nguyên liệu dư, phế liệu, phế phẩm không được kiểm soát	Thiếu biên bản cân, biên bản xuất bán phế liệu
Hợp đồng thay đổi nhưng chưa cập nhật	Phụ lục ký với đối tác chưa thông báo cho hải quan
Thiếu chứng từ giao nhận	Không lưu phiếu giao nhận nguyên liệu và thành phẩm

Theo quy định mới, doanh nghiệp được sửa đổi, bổ sung báo cáo quyết toán trong 60 ngày kể từ ngày nộp, với điều kiện hải quan chưa ra quyết định kiểm tra báo cáo quyết toán hoặc kiểm tra sau thông quan. Sau mốc này, hoặc sau khi đã có quyết định kiểm tra, việc sửa được xử lý theo pháp luật về thuế và xử phạt hành chính, hiện là Nghị định 169/2026/NĐ-CP thay cho Nghị định 128/2020/NĐ-CP.

8. Xử lý nguyên liệu dư, phế liệu và máy móc thuê mượn khi hết hợp đồng

Khi hợp đồng gia công kết thúc hoặc hết hiệu lực, doanh nghiệp rà soát toàn bộ nguyên liệu, vật tư dư, bán thành phẩm, thành phẩm, phế liệu, phế phẩm và máy móc, thiết bị thuê mượn. Khoản 2 Điều 64 Thông tư 38/2015 sửa đổi bởi Thông tư 121/2025 cho năm hình thức xử lý, mỗi hình thức có thủ tục riêng.

Hình thức	Thủ tục hải quan	Nghĩa vụ thuế
Bán tại thị trường Việt Nam	Bán cho chính bên nhận gia công: thay đổi mục đích sử dụng; bán cho đơn vị khác: xuất nhập khẩu tại chỗ	Nộp thuế nhập khẩu, thuế GTGT như hàng nhập khẩu
Xuất khẩu trả ra nước ngoài	Thủ tục xuất trả theo Nghị định 08/2015 sửa đổi	Không phát sinh thuế nhập khẩu
Chuyển sang hợp đồng gia công khác tại Việt Nam	Xuất nhập khẩu tại chỗ theo Điều 86, mã E54 và E23	Tiếp tục được miễn thuế ở hợp đồng mới
Biếu, tặng tại Việt Nam	Như trường hợp bán	Nộp thuế như trường hợp bán
Tiêu hủy tại Việt Nam	Thông báo theo mẫu số 22a Phụ lục II trước khi tiêu hủy	Không phát sinh thuế nếu tiêu hủy đúng thủ tục

Thời hạn là chậm nhất 30 ngày kể từ ngày hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng gia công kết thúc, hết hiệu lực, theo khoản 1 Điều 64 sửa đổi. Với hàng tiêu hủy, Thông tư 121/2025 mở rộng phạm vi sang cả bán thành phẩm và thành phẩm, hải quan giám sát trực tiếp việc tiêu hủy nguyên liệu, thành phẩm, phế phẩm, máy móc, còn phế liệu được giám sát theo quản lý rủi ro. Doanh nghiệp đồng thời phải bàn giao cho đơn vị xử lý chất thải có chức năng và tuân thủ pháp luật bảo vệ môi trường, nhất là khi hàng thuộc nhóm chất thải nguy hại.

Tình huống giả định về 5.000 m vải dư: Một xưởng may tại TP.HCM nhận hợp đồng gia công 100.000 áo khoác cho một thương nhân Hàn Quốc, nhập 130.000 m vải qua cảng Cát Lái theo loại hình E21, và hợp đồng kết thúc ngày 31/12/2026. Định mức thực tế đã tính hao hụt là 1,25 m mỗi áo, nên 100.000 áo dùng hết 125.000 m và kho còn 5.000 m vải dư. Hạn xử lý vải dư là ngày 30/01/2027, sớm hơn hai tháng so với hạn nộp báo cáo quyết toán ngày 31/3/2027, nên quyết định xử lý phải có trước khi lập báo cáo.

Phương án	Thủ tục	Thuế phải nộp (giả định)
Chuyển sang hợp đồng gia công mới của cùng bên đặt gia công	Xuất nhập khẩu tại chỗ, có văn bản chỉ định của bên đặt gia công	0 đồng
Xưởng mua lại để may hàng nội địa	Thay đổi mục đích sử dụng, trị giá 12.500 USD quy đổi 325.000.000 đồng	Thuế nhập khẩu 12% là 39.000.000 đồng, thuế GTGT 10% là 36.400.000 đồng
Xuất trả về Hàn Quốc	Thủ tục xuất trả, thêm cước vận chuyển	0 đồng thuế, phát sinh cước do bên đặt gia công chịu theo hợp đồng

Tỷ giá 26.000 đồng/USD, đơn giá vải 2,5 USD/m và thuế suất 12% đều là số giả định, vì thuế suất thật phụ thuộc mã HS và xuất xứ của vải. Nếu đối tác đã có đơn hàng tiếp theo, phương án chuyển hợp đồng giúp không phát sinh thuế, còn nếu xưởng muốn giữ vải để bán nội địa thì khoản 75.400.000 đồng thuế cần được đưa vào giá mua lại trước khi thống nhất với bên đặt gia công.

9. Gia công lại, gia công chuyển tiếp và doanh nghiệp chế xuất thuê gia công

Ba trường hợp dưới đây đều liên quan đến một bên thứ ba ở Việt Nam, nên dễ bị nhầm về việc ai làm thủ tục và có phải mở tờ khai hay không.

Thuê doanh nghiệp khác gia công lại: Doanh nghiệp nhận gia công được thuê tổ chức, cá nhân khác làm một phần hoặc toàn bộ công đoạn nếu đáp ứng điều kiện, nhưng theo Điều 62 sửa đổi bởi Thông tư 121/2025, bên ký hợp đồng với thương nhân nước ngoài vẫn làm thủ tục xuất nhập khẩu, báo cáo quyết toán và chịu trách nhiệm về hợp đồng. Trước khi giao nguyên liệu cho đối tác gia công lại, doanh nghiệp phải thông báo cơ sở gia công lại và hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng gia công lại theo mẫu số 20, 23, 24 Phụ lục II. Hàng giao nhận giữa các doanh nghiệp Việt Nam để thực hiện hợp đồng gia công lại không phải làm thủ tục hải quan, nhưng các bên phải lưu chứng từ giao nhận theo chế độ kế toán.

Gia công chuyển tiếp: Đây là trường hợp sản phẩm hoặc bán thành phẩm sau một công đoạn được chuyển sang doanh nghiệp khác để làm công đoạn tiếp theo theo thỏa thuận. Theo khoản 1 Điều 63 sửa đổi bởi Thông tư 121/2025, hàng gia công chuyển tiếp phải làm thủ tục như hàng xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ theo Điều 86 Thông tư 38/2015, nên doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ chứng từ giao nhận, thông tin hợp đồng và sự thống nhất giữa các bên.

Doanh nghiệp chế xuất thuê doanh nghiệp nội địa gia công: Theo khoản 1 Điều 76 sửa đổi bởi Thông tư 121/2025, doanh nghiệp nội địa làm thủ tục như gia công cho thương nhân nước ngoài, gồm thông báo cơ sở sản xuất và hợp đồng gia công, tại cơ quan hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất. Doanh nghiệp chế xuất không phải làm thủ tục khi đưa hàng vào nội địa để gia công và nhận lại sản phẩm, nhưng nếu không nhận lại hàng thì doanh nghiệp nội địa phải đăng ký tờ khai mới để thay đổi mục đích sử dụng. Thông tư 121/2025 cũng thu hẹp các trường hợp doanh nghiệp chế xuất được lựa chọn không làm thủ tục, nên nguyên tắc này không nên áp cho mọi giao dịch giữa hai bên mà cần xét đúng bản chất giao dịch, bên thuê gia công và loại hàng.

10. Sáu lưu ý để hồ sơ gia công không vướng khi quyết toán

Phần lớn vướng mắc của hàng gia công chỉ lộ ra ở kỳ quyết toán hoặc khi hợp đồng kết thúc, nên các lưu ý dưới đây cần được áp dụng ngay từ lúc ký hợp đồng.

Lưu ý	Việc cần làm
Xác định đúng loại hình	Phân biệt gia công cho thương nhân nước ngoài với sản xuất xuất khẩu, vì hai loại hình khác cơ chế quản lý và hồ sơ
Kiểm tra kỹ hợp đồng	Tên hàng, nguyên liệu, mã sản phẩm, số lượng, định mức và thời hạn phải rõ ràng, thống nhất
Quản lý chặt nguyên liệu	Theo dõi nhập kho, xuất kho, đưa vào sản xuất và tồn kho theo từng mã
Kiểm soát định mức thực tế	Xây dựng định mức từ quy trình sản xuất thật, có tài liệu chứng minh
Xử lý đúng nguyên liệu dư và phế liệu	Không tự ý bán, chuyển nhượng, tiêu thụ nội địa hay tiêu hủy khi chưa làm thủ tục
Cập nhật quy định năm 2026	Áp dụng Thông tư 121/2025 cho thông báo hợp đồng, cơ sở sản xuất, thủ tục hải quan và báo cáo quyết toán

Trong sáu lưu ý trên, định mức thực tế là điểm doanh nghiệp hay xem nhẹ nhất, vì định mức trên hợp đồng thường lấy từ bản tính kỹ thuật ban đầu và chưa phản ánh hao hụt thật trên chuyền sản xuất.

11. Dịch vụ thủ tục hải quan hàng gia công tại Everest Logistics

Một hợp đồng gia công phát sinh nhiều lô nhập nguyên liệu, nhiều lô xuất thành phẩm và kết thúc bằng quyết toán, nên phần dễ sai nhất là sự liên kết giữa các tờ khai chứ không phải từng tờ khai riêng lẻ. Everest Logistics hỗ trợ doanh nghiệp sản xuất, nhà máy và doanh nghiệp FDI từ khâu kiểm tra hợp đồng, khai báo nhập nguyên liệu, xuất sản phẩm gia công đến xuất nhập khẩu tại chỗ, gia công chuyển tiếp, xử lý nguyên liệu dư và quản lý chứng từ phục vụ quyết toán, kết hợp vận chuyển quốc tế qua Cát Lái, Cái Mép, Tân Sơn Nhất và vận tải nội địa.

Trước khi lô nguyên liệu đầu tiên rời cảng xếp, chuyên viên Everest kiểm tra hợp đồng gia công đã thông báo và có số tiếp nhận chưa, loại hình E21 hay loại hình khác phù hợp với lô hàng, mã HS và chính sách quản lý chuyên ngành của từng mã nguyên liệu, cùng việc packing list có khớp danh mục nguyên liệu trong hợp đồng hay không. Các khoản chi phí được trao đổi trước khi triển khai, và mọi vấn đề phát sinh trong quá trình làm thủ tục được báo lại cho doanh nghiệp theo từng công đoạn.

Để nhận báo giá, doanh nghiệp gửi hợp đồng gia công hoặc bản nháp, danh mục nguyên liệu kèm định mức dự kiến, bản nháp packing list của lô đầu tiên, cảng xếp và cảng dỡ, cùng kế hoạch xuất thành phẩm theo tháng.

Hợp đồng gia công hiếm khi gặp vấn đề ở tờ khai đầu tiên mà thường vướng ở kỳ quyết toán hoặc khi hợp đồng kết thúc. Doanh nghiệp nên chốt định mức thực tế và phương án xử lý nguyên liệu dư ngay trong hợp đồng, rồi cho phòng kho, kế toán và xuất nhập khẩu dùng chung một mã nguyên liệu từ lô đầu.

Quý doanh nghiệp cần tư vấn thủ tục hải quan, tra cứu mã HS hoặc nhận báo giá cước vận chuyển trọn gói, vui lòng liên hệ ngay với chuyên viên của Everest Logistics để được hỗ trợ phương án tối ưu nhất.

Câu hỏi thường gặp (FAQ)

Nguyên liệu nhập khẩu để gia công có phải nộp thuế nhập khẩu không?

Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công sản phẩm cho thương nhân nước ngoài được miễn thuế nhập khẩu khi đáp ứng điều kiện của pháp luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Doanh nghiệp phải quản lý và dùng nguyên liệu đúng mục đích, phần dùng sai mục đích phải làm thủ tục và nộp thuế.

Doanh nghiệp có phải thông báo hợp đồng gia công với hải quan không?

Có, doanh nghiệp phải thông báo hợp đồng và phụ lục hợp đồng gia công qua hệ thống trước khi xuất khẩu, nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị phục vụ hợp đồng. Mỗi hợp đồng chỉ thông báo một lần và thông báo bổ sung khi nội dung thay đổi.

Thời hạn nộp báo cáo quyết toán hàng gia công là bao lâu?

Báo cáo quyết toán nộp chậm nhất vào ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính, nên năm tài chính kết thúc 31/12/2026 có hạn cuối là 31/3/2027. Doanh nghiệp được tự sửa báo cáo trong 60 ngày kể từ ngày nộp nếu hải quan chưa ra quyết định kiểm tra.

Nguyên liệu gia công dư có được bán tại Việt Nam không?

Được, bán tại thị trường Việt Nam là một trong năm hình thức xử lý, với điều kiện hoàn thành thủ tục hải quan và nộp thuế tương ứng trong hạn 30 ngày sau khi hợp đồng kết thúc. Doanh nghiệp không được tự ý tiêu thụ nguyên liệu dư khi chưa làm thủ tục.

Doanh nghiệp nhận gia công có được thuê đơn vị khác gia công lại không?

Được, doanh nghiệp có thể thuê đơn vị khác làm một phần hoặc toàn bộ công đoạn nếu đáp ứng điều kiện và đã thông báo hợp đồng gia công lại với hải quan. Doanh nghiệp ký hợp đồng với thương nhân nước ngoài vẫn chịu trách nhiệm về thủ tục hải quan và báo cáo quyết toán.